Na 1090 werd Filips' bewind beheerst door zijn huwelijksverwikkelingen en de conflicten met de kerk die daaruit voortkwamen: Filips begeerde Bertrada, de mooie en jonge vijfde vrouw van zijn oude vazal Fulco IV van Anjou. Tegelijk vond Filips dat Bertha dik en onaantrekkelijk was geworden. Dus scheidde hij op 15 mei 1092 van Bertha en verbande haar van het hof. Daarna trouwde Filips met Bertrada. Bertrada was toen nog niet gescheiden van Fulco.
Niet alle bisschoppen konden dit accepteren en er kwam verzet tegen deze gang van zaken. In 1094 excommuniceerde de aartsbisschop van Lyon het nieuwe paar. Dit werd in 1095 door de paus bevestigd. Onder druk van de excommunicatie verliet Filips Bertrada, de excommunicatie werd toen opgeheven, Filips en Bertrada gingen weer samenwonen, en werden opnieuw geëxcommuniceerd. Dit herhaalde zich enkele malen tot 1104. Toen legden Filips en Bertrada een plechtige eed af om te zullen scheiden, en werd de excommunicatie opgeheven. Natuurlijk braken ze hun eed en bleven bij elkaar maar de excommunicatie werd niet opnieuw ingesteld. Als dank gaf Filips tijdens een ontmoeting in Saint-Denis steun aan paus Paschalis II tegen keizer Hendrik V.